恶性肿瘤发病机制及转化研究教育部重点实验室于2007年底批准立项，2008年开始筹建，2010年通过专家验收，开始正式运行并向国内外开放。2008年5月至2012年8月，实验室主任游伟程教授，副主任寿成超教授、尚永丰院士；现任实验室主任季加孚教授，副主任邓大君教授、尚永丰院士。实验室学术委员会主任委员魏于全院士，副主任委员詹启敏院士、方伟岗教授。

实验室依据前期工作基础及肿瘤研究的发展趋势，围绕“战略前移、少发易治、量体裁衣、合理治疗”的战略思想，继续围绕胃癌、乳腺癌、食管癌等病因及发病机制、遗传易感与环境交互作用及分子流行病学、预警及早期诊断、高危人群干预及防治的新药研发和肿瘤侵袭转移等内容开展更高水平的基础及应用基础研究，以期在肿瘤预防、预警、干预、早诊及相关机制等方面，取得更多创新性、开拓性研究结果。实验室主要研究方向包括肿瘤病因及发病机制的研究；肿瘤分子流行病学及高危人群的干预研究；肿瘤预警与早期诊断的研究；肿瘤侵袭转移的研究；肿瘤个体化治疗及诊治新方法的研究。

实验室现有PI15人，其中包括中国科学院院士1人、教育部“长江学者奖励计划”特聘教授1人、国家杰出青年基金获得者5人、教育部新世纪优秀人才计划获资助者5人，组成了一支临床与基础相结合，在国内外有相当影响力的研究团队。

2008年立项建设以来，新增各类科研项目近600项，获得科研经费3.7亿元，其中国家级项目（含子课题）293项，科研经费2.6亿元。获得各级各类成果奖19项，专利授权22项，其中国际专利授权1项。在《Cell》、《Cancer Cell》、《J Clin Oncology》、《PNAS》、《EMBO》、《Cancer Res》、《ClinCancer Res》、《Gut》等著名国际学术期刊上，发表标注重点实验室的SCI论文420篇，总影响因子1381.109，其中IF5以上论文75 篇。

实验室对科研的投入力度日益加大，已拥有飞行质谱、激光共聚焦显微镜、流式细胞仪、组织芯片分析、荧光定量PCR仪、核酸芯片仪、活体动物体内光学成像系统等一批先进仪器设备和技术平台，本着开放共享的原则，对实验室内外科研人员提供开放服务。